Partir la berenjena a la mitad y cocerla en una cacerola grande con agua hirviendo y sal durante 25 minutos. Mientras tanto, pelar y picar finamente el ajo y la cebolla. Ir pochándolos en una sartén con aceite de oliva a fuego lento y echarle sal para que sude la cebolla. Cortar los pimientos rojo y verde y añadirlos al sofrito, rehogando las verduras durante unos minutos más.
Cuando las verduras estén tiernas, añadir la carne picada removiéndola para que se dore un poco, y separando los trozos con dos cucharas de madera. Añadir los trocitos de bacon y dorarlos igualmente. A continuación echar una cucharada de harina y remover, cocinándola un rato hasta que se dore. Después, añadir el vaso de vino blanco; subir el fuego dejándolo un par de minutos para que se evapore el alcohol.
Incorporar ahora un vaso de tomate triturado, remover y dejar cocer a fuego lento y tapado (porque puede salpicar) durante unos 20 minutos en total. Una vez cocidas las berenjenas sacar la pulpa con una cucharita con mucho cuidado de no romper la piel y dejando algo de carne en las paredes para que la piel mantenga su forma. Ir poniendo la pulpa en un escurridor para que suelte el agua. Después, poner también a escurrir las pieles de la berenjena y reservarlas en una fuente para horno.
Picar en trozos la pulpa y añadirla al sofrito, removiendo para que se mezclen bien los ingredientes. Probar de sal y corregirla si es necesario. El tiempo de cocción total de la salsa de carne era de 20 minutos. Rellenar las pieles de la berenjena y cubrirlas con el queso Emmental rallado. Gratinarlas en el horno a fuego fuerte durante 5-10 minutos o hasta que el queso tome un color dorado.